Como miembro de la familia SNX, la nexina 29 clasificadora de cabras (SNX29) se identifica inicialmente como un gen de miogénesis. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo examinar el polimorfismo en el gen SNX29 y su asociación con los rasgos de crecimiento. En este estudio, utilizamos una plataforma en línea para predecir las estructuras de la proteína SNX29 y utilizamos PCR cuantitativa en tiempo real para detectar la posible variación del número de copias (CNV) en cabras de cachemira blanca Shaanbei (SBWC) (n = 541), cabras negras de Guizhou (GB) (n = 48) y cabras de Nubia (NB) (n = 39). Los resultados mostraron que la proteína SNX29 de cabra pertenecía a la proteína no secretora. Luego, se detectaron cinco CNV y se analizó su asociación con rasgos de crecimiento. En cabras SBWC, CNV1, CNV3, CNV4 y CNV5 se asociaron con el ancho del pecho y la longitud del cuerpo (P < 0,05). Entre ellos, los individuos CNV1 con genotipos de ganancia y pérdida fueron superiores a aquellos individuos con un genotipo mediano, pero CNV4 y CNV5 de individuos con genotipo mediano fueron superiores a aquellos con los genotipos de pérdida y ganancia. Además, los individuos con el genotipo de ganancia tenían rasgos de crecimiento superiores en CNV3. En resumen, este estudio sugiere que el CNV de SNX29 se puede utilizar como un marcador molecular en la cría de cabras.
Introducción
Los miembros de la familia SNX se encuentran en el citoplasma de unión a la membrana y pueden unirse al fosfatidilinositol a través del dominio PX e interactuar con complejos de proteínas asociadas a la membrana, que desempeñan un papel importante en la regulación de la endocitosis y el transporte de proteínas a través de los compartimentos de la membrana celular (1, 2). Hasta la fecha, se han identificado 32 miembros, y se dividen en cinco subgrupos basados en el dominio de la proteína. Entre ellos, el gen SNX29 pertenece a la subfamilia SNX-PX (3), que se ha informado que está involucrada en la enfermedad, el desarrollo del sistema nervioso y el crecimiento animal. Los estudios han relacionado el gen SNX29 con la esquizofrenia (SCZ), el autismo y otros trastornos psiquiátricos (4, 5). La deleción del intrón 29 de SNX14 puede conducir a linfoma testicular primario (6). Zhu et al. encontraron que la regulación a la baja del gen SNX29 se asoció con células de carcinoma epitelial de ovario (7). Además, Sparks et al. mostraron una fuerte asociación entre los niveles de IgA y la región entre 6,89 y 14,95 Mb en el cromosoma 24 de las ovejas, que corresponde al gen SNX29 (8). Un circRNA del gen SNX29 regula la proliferación y diferenciación de las células musculares (9). Los estudios han demostrado que el gen SNX29 desempeña un papel clave en la deposición de grasa subcutánea en cabras negras de Xiangdong (XDB), y la CNV SNX29 se asocia significativamente con la circunferencia torácica y abdominal de cabras XDB (P < 0.01) (10). Con base en lo anterior, el gen SNX29 fue seleccionado para ser estudiado en este estudio.
La variación del número de copias (NVC) existe ampliamente en los genomas de los organismos, y se considera una fuente importante de diferencias genéticas entre individuos (11, 12). En los últimos años, algunos estudios informaron que la NVC se correlacionó significativamente con los rasgos económicos del ganado, como el tamaño de la camada (13), la calidad de la carne (14), la producción de leche (15), la tasa de aumento de peso (16) y la tasa de conversión alimenticia (17). Las ventajas de la diversidad, simplicidad y eficiencia de la población que promueve la CNV fueron descubiertas por más personas (18). Como marcador molecular aplicable, CNV puede hacer que la selección asistida por marcadores (MAS) juegue mejor las ventajas de conveniencia, simplicidad, etc. En resumen, proporciona nuevas ideas y métodos para el trabajo de cría.
Las cabras de cachemira blanca Shaanbei (SBWC) fueron criadas a partir de la cabra de cachemira blanca de Liaoning y la cabra negra Ziwuling (19), que tiene un alto valor de cachemira y valor de carne (20). Las cabras negras de Guizhou (GB) son una excelente raza local con buena calidad de carne y tolerancia a la alimentación gruesa (21). Las cabras de Nubia (NB) tienen un buen valor para la carne y la leche y tienen un mayor contenido de carne que otras cabras de doble propósito (22). Sin embargo, su rendimiento de crecimiento no logra los resultados esperados, por lo que es útil aumentar el valor económico de las cabras mejorando sus rasgos de crecimiento a través de MAS.
Actualmente, las CNV del gen SNX29 y su asociación con rasgos de crecimiento en cabras SBWC no han sido reportadas. Por lo tanto, este estudio se caracteriza en función de los aspectos de la estructura de la proteína, las propiedades fisicoquímicas y la variación del ADN. A continuación, exploramos cinco CNV potenciales, que se detectaron en cabras SBWC, cabras GB y cabras NB mediante PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR). Se realizó un análisis de asociación entre el gen SNX29 y los rasgos de crecimiento de las cabras. Estos resultados tendrán una comprensión más profunda de la variación genética y los rasgos de crecimiento del ganado, con el fin de sentar una base teórica para la cría de cabras MAS.
ARTÍCULO COMPLETO… https://axoncomunicacion.net/distribucion-de-deteccion-de-cnvs-de-snx29-en-tres-razas-caprinas/
